Thanh tra Chính phủ chỉ ra một số vi phạm như: Quy trình đào tạo thạc sĩ thiếu quy định chi tiết về đối tượng, điều kiện dự thi, điều kiện bảo vệ luận văn, thâm niên công tác, thiếu quy định về trình độ ngoại ngữ trước khi bảo vệ luận văn; không ban hành chương trình đào tạo trình độ tiến sĩ. Quy chế tuyển sinh và đào tạo trình độ tiến sĩ thiếu quy định về kinh nghiệm quản lý và thâm niên công tác theo yêu cầu của từng ngành đào tạo, không quy định cụ thể về thời gian làm việc chuyên môn. Đặc biệt, tại chương trình đào tạo thạc sĩ của Học viện Khoa học xã hội thiếu nội dung về chuẩn đầu ra của từng chuyên ngành, còn trường hợp giảng viên hướng dẫn vượt số học viên cùng thời gian, học viên đăng ký ngành này nhưng được cấp bằng của ngành khác.

Thanh tra chính phủ còn phát hiện một số hồ sơ học viên chương trình đào tạo còn thiếu sót, có trường hợp giảng viên không đủ điều kiện tham gia hội đồng chấm luận văn thạc sĩ. Trong đó Thanh tra kết luận: "Có nghiên cứu sinh đề xuất đề tài nghiên cứu không nằm trong danh mục nghiên cứu. Sổ cấp phát văn bằng còn tẩy xóa, sửa chữa, thiếu thông tin về nghiên cứu sinh". 

Từ đó, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của tập thể lãnh đạo Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam qua các thời kỳ trong giai đoạn 2015-2019; yêu cầu Học viện Khoa học xã hội bổ sung đầy đủ quy trình đào tạo; kiểm tra, làm rõ những trường hợp tẩy xóa, sửa chữa trên sổ cấp phát văn bằng, xử lý theo quy định nếu có sai phạm.

Theo Thanh tra Chính phủ, trách nhiệm trong công tác đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ thuộc lãnh đạo Viện hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam phụ trách công tác đào tạo và Học viện Khoa học xã hội thời kỳ 2015-2019.